京都大学初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。4年后新的大学令颁布，分科大学改名为学部。法学部原有的法律学和经济学分家，同时上升为学部。经过数年的努力，农学部和一些研究机构相继成立，学校规模有了很大的发展，学生人数成倍增加，京都第三高中并入后，以此为基础成立了人文学部，后发展成为今天的教养学部。战后，按照新的教育法，全部实行新制，削去帝国大学中的“帝国”二字，清除军国主义对京都大学的破坏和影响，包括实行男女共学，清理教师队伍，废除一些不合时宜的讲座，增设教育学部、药学部和一些研究所，研究生的教育得到了长足发展，对外开放门户。这样，就成了在日本仅次于
东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。
京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等；教育学部，含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座；法学部，仅有法律学一个系含公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设国际政治法律文献中心；经济学部，含经济学、经营学2系共11个讲座；理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，即有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，各系既相互独立又相互交叉，设施有两个天文台，8个火山、 地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等；医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科共有39个讲座，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系168个讲座，研究领域涉及土木建筑、化工、机械、交通、电气、冶金、航空、自动化、原子能、情报工程等，附属机构有离子工程，自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施；药学部，含药学、制药化学两系共13个讲座，附设药用植物园；农学部，含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。
研究生院：研究生院设有文学、教育学、法学、经济学、理学、医学、工学、农学9个研究科，包含83个研究方向。研究生教育与学部教育结合在一起，这样可以充分利用人力、图书馆情报资料、仪器设备等资源，学部、研究生院各科、研究所三位一体，对出成果和人才培养均有利。